AAU-Model giver sikkerhed for genåbning efter pandemier

Det trækker dybe spor gennem samfundet, når farlige virus og mutationer fremtvinger nedlukning og isolation. En ny model udviklet af forskere på AAU kan hjælpe myndigheder med at få et mere nøjagtigt billede af, hvornår enkelte mutationer af en virus kan anses for at være bekæmpet. Det kan spare millioner af kroner i unødvendige test og nedlukninger.

Bag modellen står en gruppe forskere fra Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet og Det Tekniske Fakultet for IT og Design på Aalborg Universitet. Med udgangspunkt i data fra coronamutationer i de nordjyske mink i efteråret 2020, har de udarbejdet et system, der viser, hvornår man kan være sikker på, at en virusvariant ikke længere findes i samfundet.

- Modellen viser, hvor længe man skal lukke et område ned, og hvor mange man skal teste over en periode, før man kan være rimeligt sikker på, at mutationen er udryddet, forklarer professor Martin Bøgsted fra Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet på AAU.

Overblik over det ukendte
En af udfordringerne ved at bekæmpe en virus som COVID-19 med forskellige mutationer er, at man ikke kan teste alle på samme tid, og at det ikke er alle smittede, der bærer den samme genetiske mutation. Derfor kan aktive mutationer ’gemme sig’, hvis de ikke dukker op i

- Det kan godt være, at man ikke finder nogen bærere af mutationen i ugevis, men derfor kan den stadigvæk godt være aktiv i befolkningen, forklarer Martin Bøgsted.

For at være sikker på hvilken mutation en smittet har i kroppen, skal en positiv PCR-test sendes til genomsekventering. Her bliver virussens nøjagtige genetiske kode kortlagt. Genomsekventering tager tid, derfor er det ikke alle positive test, der bliver sekventeret og kortlagt. Den usikkerhedsfaktor er afgørende for, hvor nøjagtigt man kan vide om en nedlukning skal forlænges eller afblæses.

- I vores model indtaster man befolkningsantal, smitsomhed, antallet af test, antallet af sekventeringer, incidenstal og antallet af konstaterede smittede. Når vi har de data, kan vi med meget stor sandsynlighed vise, hvor lang tid der går, før man kan stole på, at nul smittede i test også betyder nul smittede ude i samfundet, siger Martin Bøgsted.

Et nul er ikke et nul med det samme
Ideen til at udvikle modellen kom under nedlukningen af seks nordjyske kommuner i efteråret 2020, hvor en potentielt vaccineresistent mutation var dukket op i nordjyske mink.

Selv om genomsekventering kun havde afsløret i alt 11 tilfælde af den såkaldte Cluster5 mutation fordelt på fire uger i sensommeren, skulle der gå yderligere næsten 15 uger med nul smittede med Cluster5, før sundhedsmyndighederne kunne føle sig sikre på, at den var blevet udryddet. Den nøjagtige matematiske model fandtes nemlig ikke på det tidspunkt.

- Havde vi haft modellen dengang, ville man kunne regne sig frem til, hvornår det var sikkert at lukke samfundet op igen, siger Martin Bøgsted.

Kan hjælpe hele verden
Modellen fra Aalborg er blevet offentliggjort i tidsskriftet Scientific Reports og ligger nu frit tilgængelig til lignende scenarier i fremtiden. Til gavn for ikke bare Danmark, men for hele verden, siger Jakob Stoustrup, der er professor ved Det Tekniske Fakultet for IT og Design.

- Nu er modellen en del af det beredskab, som nationer og myndigheder rundt omkring i verden har til rådighed i deres arsenal. Vi håber, at den kommer til bred anvendelse, siger han.

- Isolationsstrategier har mange omkostninger; økonomisk, socialt og menneskeligt på trivsel, folkesundhed og personlig frihed. Derfor er det vigtigt at få hævet isolationen igen så hurtigt som muligt. Det har vi givet et beregningsgrundlag for nu, fastslår Jakob Stoustrup, der desuden er medlem af den faglige referencegruppe, der har rådgivet Folketinget om behandlingen af coronapandemien siden efteråret 2020.

Du kan læse den videnskabelige artikel her: https://www.nature.com/articles/s41598-021-04108-8